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EnglishRÉSUMÉ
Une biopuce est un outil d'analyse multiplexé, d'interaction entre une sonde fixée sur un support et une cible en solution. Différents types de biopuces ont été développés depuis les années 1990 : puces à ADN, à protéines, à peptides, à sucres, à cellules, pour des applications variées. Aujourd'hui les évolutions des laboratoires sur puces poussent au plus loin la miniaturisation en intégrant toutes les étapes d'une analyse, depuis la préparation des échantillons jusqu'à l'analyse des résultats. L'intérêt des biopuces réside dans leur efficacité et la vitesse d'obtention des résultats, ainsi que dans la densité d'informations qu'elles contiennent.
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Véronique ANTON LEBERRE : Chargée de recherche au CNRS - Responsable de l'équipe biopuces bionanotechnologies du LISBP UMR INSA/CNRS 5204/INRA 791 et de la plate-forme GeT-Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
INTRODUCTION
Le concept des biopuces date du début des années 1990, mais c'est dans les années 2000 que les développements fourmillent et bouleversent le secteur des biotechnologies, notamment avec l'essor des puces à ADN. À vrai dire, l'idée n'est pas vraiment nouvelle. La puce à ADN représente la fusion de deux découvertes vieilles de plus de cinquante ans :
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les travaux de J. Watson et F. Crick – Prix Nobel de physique 1962 – qui découvrent que l'ADN, cette molécule qui détermine le patrimoine génétique, est composé de deux brins complémentaires formant une structure en double hélice ;
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le développement de la puce électronique.
Il ne reste alors plus qu'à réunir ces deux découvertes. L'idée est très simple, chaque brin d'ADN est constitué d'un enchaînement de nucléotides qui se lie à son brin complémentaire dans une exacte symétrie. Il suffit donc de fixer un seul de ces brins sur une puce : quand celui-ci rencontrera son complémentaire marqué, il y aura émission d'un message fluorescent, capté par un scanner et analysé par les logiciels appropriés. C'est là toute la magie de ce concentré de technologies : transformer une réaction biologique en signal électronique. L'idée ingénieuse voit ses développements et applications foisonner dans les années 2000, lorsque le vaste projet de décryptage du génome humain, le Human Genome Project (HGP), arrive à maturité. Depuis lors, le concept même de biopuces n'a fait que s'accroître et se renforcer. Reposant sur l'association de technologies pluridisciplinaires intégrant la micro-électronique, la chimie, l'analyse d'images, la bio-informatique, les mathématiques, la biopuce est devenue un outil d'analyse multiplexé d'interactions entre une sonde fixée sur support et une cible (analyte) en solution, marquée et extraite de systèmes biologiques. Les sondes sont déposées à des positions précises par méthode mécanique ou synthétisées directement sur la surface du support de la puce et sont des biomolécules de nature différente suivant le type de puces auquel on fait référence :
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des acides nucléiques, dans le cas des puces à ADN ;
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des protéines ou peptides, dans le cas des puces à protéines ;
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des glycanes ou biomolécules glycosylées, dans le cas des puces à sucres ;
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des cellules entières, dans le cas des puces à cellules.
Dans cet article, seront décrits ces différents types de biopuces, ainsi que le large panel de leurs applications, souvent méconnues. Nous aborderons ensuite les limites de cette technologie, mais aussi ses atouts qui en font, malgré l'apparition de nouvelles technologies de pointe, comme le séquençage de nouvelle génération, une technologie robuste et plébiscitée par de nombreux laboratoires. Les biopuces restent de nos jours abondamment utilisées dans les laboratoires pour des applications aussi variées que l'étude de l'expression des gènes, le génotypage, l'analyses des interactions protéines-protéines ou protéines-sucres, l'impact d'effecteurs exogènes sur des cellules ou encore l'effet d'ARN dit « interférent » sur des cellules transfectées. Si les champs d'applications des biopuces sont variés, les secteurs d'activité les utilisant le sont tout autant (la recherche fondamentale et pharmaceutique, le diagnostic médical, le contrôle agroalimentaire et industriel, les armes biologiques, etc.) et expliquent les prévisions toujours croissantes du marché des biopuces et de leur miniaturisation que sont les laboratoires sur puce.
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3. Puces à sucres
Les sucres sont les composants clés des glycolipides et des glycoprotéines se trouvant sur la membrane cellulaire et participent à des processus tels que la reconnaissance, l'adhésion et les signaux entre cellules. Ces phénomènes sont nécessaires pour la croissance et la réparation tissulaire, et interviennent dans les invasions virales et bactériennes d'organismes pathogènes. Une meilleure compréhension des interactions avec ces glycanes pourrait aider à l'élucidation des mécanismes de signalisation intercellulaire, pouvant aussi mener à une amélioration des diagnostics et au développement d'outils thérapeutiques.
Ainsi l'idée de développer de nouveaux systèmes inspirés des techniques des puces à ADN ou protéines, afin d'obtenir des études plus systématiques de reconnaissance, par exemple sucre/protéine, a vu le jour. Aussi nommés « oligosaccharide microarrays ou chips » ou « glycoarrays », ces systèmes permettent de déposer un certain nombre de sucres différents sur une surface et de conduire l'interaction avec, par exemple, une protéine sur l'ensemble de la surface, des anticorps ou encore des cellules.
La première étape de fabrication des puces à sucres est d'obtenir des sondes disponibles (glycanes). Il y a deux approches principales : l'une est l'isolement à partir de sources naturelles, l'autre est la synthèse chimique ou enzymatique. Cette synthèse est toujours un grand défi en raison de la complexité inhérente aux glycanes . De plus, immobiliser efficacement les glycanes sur la surface du support est un prérequis à la fabrication des puces à sucres . De nombreux facteurs importants doivent être pris en compte : l'espace entre...
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Puces à sucres
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - SHALON (D.), SMITH (S.J.), BROWN (P.O.) - A DNA microarray system for analyzing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization. - Genome research, 6, p. 639-645 (1996).
-
(2) - DeRISI (J.), PENLAND (L.), BROWN (P.O.), BITTNER (M.L.), MELTZER (P.S.), RAY (M.), CHEN (Y.), SU (Y.A.), TRENT (J.M.) - Use of a cDNA microarray to analyse gene expression patterns in human cancer. - Nat. Genet., 14(4), p. 457-4s60 (1996).
-
(3) - SCHENA (M.), SHALON (D.), HELLER (R.), CHAI (A.), BROWN (P.O.), DAVIS (R.W.) - Parallel human genome analysis : microarray-based expression monitoring of 1 000 genes. - Proc. Natl. Acad. Sci., USA., 1, 93(20), p. 10614-10619 (1996).
-
(4) - DeRISI (J.), IYER (V.), BROWN (P.O.) - The MGuide : a complete guide to building your own microarrayer. - Stanford, CA : Stanford University, (1998).
-
(5) - SCHENA (M.), SHALON (D.), DAVIS (R.W.), BROWN (P.O.) - Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. - Science, 20, 270(5235), p. 467-470 (1995).
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DANS NOS BASES DOCUMENTAIRES
ANNEXES
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1 Sites Internet
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2 Événements
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3 Annuaire
- 3.1 Constructeurs – Fournisseurs – Distributeurs (liste non exhaustive) 3.1.1 Fabricant de biopuces et robots associés
- 3.2 Constructeurs de robots pour la SPR
- 3.3 Fabricants de séquenceurs de nouvelle génération
- 3.4 Biopuces à protéines
- 3.5 Laboratoire sur puce : lab-on-Chip
- 3.6 Divers
3.1.2 Biopuces pour le diagnostic
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4 Données statistiques et économiques
Journal Lab-on-a-Chip https://www.rsc.org/journals-books-databases/about-journals/lab-on-a-chip/
Équipe Biopuces Bionanotechnologies http://www.lisbp.fr/fr/la_recherche/axe_physiologie_et_metabolisme_ microbiens/equipe_ead2.html
Plate-forme Génome et transcriptome https://get.genotoul.fr/
HAUT DE PAGE
Lab-on-a-Chip World Congress http://www.selectbiosciences.com/conferences...
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