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En anglaisRÉSUMÉ
Une biopuce est un outil d'analyse multiplexé, d'interaction entre une sonde fixée sur un support et une cible en solution. Différents types de biopuces ont été développés depuis les années 1990 : puces à ADN, à protéines, à peptides, à sucres, à cellules, pour des applications variées. Aujourd'hui les évolutions des laboratoires sur puces poussent au plus loin la miniaturisation en intégrant toutes les étapes d'une analyse, depuis la préparation des échantillons jusqu'à l'analyse des résultats. L'intérêt des biopuces réside dans leur efficacité et la vitesse d'obtention des résultats, ainsi que dans la densité d'informations qu'elles contiennent.
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A biochip is a multiplex analysis tool of interaction between a probe fixed on a support and a target in solution. Various types of biochips have been developed since the 1990s: DNA, protein, peptide, sugar and cell biochips for various applications. Currently, the evolutions of laboratories on chips push the limits of miniaturization by integrating all the stages of an analysis, from the sample preparation to the analysis of results. The interest of biochips lies in their efficiency and speed of result acquisition as well as in the density of the information they contain.
Auteur(s)
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Véronique ANTON LEBERRE : Chargée de recherche au CNRS - Responsable de l'équipe biopuces bionanotechnologies du LISBP UMR INSA/CNRS 5204/INRA 791 et de la plate-forme GeT-Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
INTRODUCTION
Le concept des biopuces date du début des années 1990, mais c'est dans les années 2000 que les développements fourmillent et bouleversent le secteur des biotechnologies, notamment avec l'essor des puces à ADN. À vrai dire, l'idée n'est pas vraiment nouvelle. La puce à ADN représente la fusion de deux découvertes vieilles de plus de cinquante ans :
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les travaux de J. Watson et F. Crick – Prix Nobel de physique 1962 – qui découvrent que l'ADN, cette molécule qui détermine le patrimoine génétique, est composé de deux brins complémentaires formant une structure en double hélice ;
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le développement de la puce électronique.
Il ne reste alors plus qu'à réunir ces deux découvertes. L'idée est très simple, chaque brin d'ADN est constitué d'un enchaînement de nucléotides qui se lie à son brin complémentaire dans une exacte symétrie. Il suffit donc de fixer un seul de ces brins sur une puce : quand celui-ci rencontrera son complémentaire marqué, il y aura émission d'un message fluorescent, capté par un scanner et analysé par les logiciels appropriés. C'est là toute la magie de ce concentré de technologies : transformer une réaction biologique en signal électronique. L'idée ingénieuse voit ses développements et applications foisonner dans les années 2000, lorsque le vaste projet de décryptage du génome humain, le Human Genome Project (HGP), arrive à maturité. Depuis lors, le concept même de biopuces n'a fait que s'accroître et se renforcer. Reposant sur l'association de technologies pluridisciplinaires intégrant la micro-électronique, la chimie, l'analyse d'images, la bio-informatique, les mathématiques, la biopuce est devenue un outil d'analyse multiplexé d'interactions entre une sonde fixée sur support et une cible (analyte) en solution, marquée et extraite de systèmes biologiques. Les sondes sont déposées à des positions précises par méthode mécanique ou synthétisées directement sur la surface du support de la puce et sont des biomolécules de nature différente suivant le type de puces auquel on fait référence :
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des acides nucléiques, dans le cas des puces à ADN ;
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des protéines ou peptides, dans le cas des puces à protéines ;
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des glycanes ou biomolécules glycosylées, dans le cas des puces à sucres ;
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des cellules entières, dans le cas des puces à cellules.
Dans cet article, seront décrits ces différents types de biopuces, ainsi que le large panel de leurs applications, souvent méconnues. Nous aborderons ensuite les limites de cette technologie, mais aussi ses atouts qui en font, malgré l'apparition de nouvelles technologies de pointe, comme le séquençage de nouvelle génération, une technologie robuste et plébiscitée par de nombreux laboratoires. Les biopuces restent de nos jours abondamment utilisées dans les laboratoires pour des applications aussi variées que l'étude de l'expression des gènes, le génotypage, l'analyses des interactions protéines-protéines ou protéines-sucres, l'impact d'effecteurs exogènes sur des cellules ou encore l'effet d'ARN dit « interférent » sur des cellules transfectées. Si les champs d'applications des biopuces sont variés, les secteurs d'activité les utilisant le sont tout autant (la recherche fondamentale et pharmaceutique, le diagnostic médical, le contrôle agroalimentaire et industriel, les armes biologiques, etc.) et expliquent les prévisions toujours croissantes du marché des biopuces et de leur miniaturisation que sont les laboratoires sur puce.
KEYWORDS
Medical diagnosis | Food control | Genotyping | Epigentics | Microfluidics
DOI (Digital Object Identifier)
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5. Laboratoires sur puce
Des biopuces à ADN, protéines, sucres ou cellules il n'y a qu'un pas vers le laboratoire sur puce (lab-on-chip). Le concept de laboratoire sur puce a émergé au début des années 1990 en même temps que les puces à ADN. Il s'agit de systèmes intégrant toutes les étapes d'une analyse biologique et l'ensemble des appareils d'analyse, depuis la récupération et la préparation des échantillons (séparation cellulaire, extraction de l'ADN, PCR, migration sur gel, marquage...) jusqu'à la détection du signal et aux résultats (figure 15).
Conçus pour répondre à un besoin de plus en plus pressant d'analyse automatique, rapide et à bas coût, les laboratoires sur puce poussent au plus loin la miniaturisation. Étant mobiles, ils permettent le rapprochement du lieu d'analyse au lieu de prélèvement. C'est donc un véritable gain de temps et d'argent.
Cependant, les laboratoires sur puce restent encore complexes à fabriquer. Le défi essentiel est l'intégration. Les microtechnologies et la microfluidique doivent permettre de miniaturiser et d'intégrer toutes les étapes d'un protocole d'analyse biologique. La microfluidique est une technique visant à maîtriser le transport et la manipulation de nanolitres de fluides dans des canaux miniaturisés de la taille d'un cheveu. Elle permet d'intégrer, dans un seul dispositif, plusieurs opérations successives d'un protocole complexe d'analyse. Cela passe notamment par la maîtrise du mouvement, de la distribution, éventuellement du stockage des réactifs et de l'échantillon, ainsi que des conditions physiques des réactions chimiques, comme la température au sein du dispositif. La difficulté réside dans le changement de comportement de ces fluides à ces échelles, ce qui nécessite des recherches approfondies en dynamique des interfaces, mécanique des fluides complexes et sur les conditions de glissement à la paroi.
Les laboratoires sur puce ont des applications multiples et variées, ils peuvent être utilisés pour les contrôles agroalimentaires (comme le suivi des bactéries productrices de ferments lactiques) et environnementaux (analyse bactérienne de l'eau de consommation, détection d'agents infectieux dans l'alimentation, l'air ou l'eau), en santé humaine, etc. ...
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Laboratoires sur puce
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - SHALON (D.), SMITH (S.J.), BROWN (P.O.) - A DNA microarray system for analyzing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization. - Genome research, 6, p. 639-645 (1996).
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(2) - DeRISI (J.), PENLAND (L.), BROWN (P.O.), BITTNER (M.L.), MELTZER (P.S.), RAY (M.), CHEN (Y.), SU (Y.A.), TRENT (J.M.) - Use of a cDNA microarray to analyse gene expression patterns in human cancer. - Nat. Genet., 14(4), p. 457-4s60 (1996).
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(3) - SCHENA (M.), SHALON (D.), HELLER (R.), CHAI (A.), BROWN (P.O.), DAVIS (R.W.) - Parallel human genome analysis : microarray-based expression monitoring of 1 000 genes. - Proc. Natl. Acad. Sci., USA., 1, 93(20), p. 10614-10619 (1996).
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(4) - DeRISI (J.), IYER (V.), BROWN (P.O.) - The MGuide : a complete guide to building your own microarrayer. - Stanford, CA : Stanford University, (1998).
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(5) - SCHENA (M.), SHALON (D.), DAVIS (R.W.), BROWN (P.O.) - Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. - Science, 20, 270(5235), p. 467-470 (1995).
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...
DANS NOS BASES DOCUMENTAIRES
ANNEXES
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1 Sites Internet
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2 Événements
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3 Annuaire
- 3.1 Constructeurs – Fournisseurs – Distributeurs (liste non exhaustive) 3.1.1 Fabricant de biopuces et robots associés
- 3.2 Constructeurs de robots pour la SPR
- 3.3 Fabricants de séquenceurs de nouvelle génération
- 3.4 Biopuces à protéines
- 3.5 Laboratoire sur puce : lab-on-Chip
- 3.6 Divers
3.1.2 Biopuces pour le diagnostic
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4 Données statistiques et économiques
Journal Lab-on-a-Chip https://www.rsc.org/journals-books-databases/about-journals/lab-on-a-chip/
Équipe Biopuces Bionanotechnologies http://www.lisbp.fr/fr/la_recherche/axe_physiologie_et_metabolisme_ microbiens/equipe_ead2.html
Plate-forme Génome et transcriptome https://get.genotoul.fr/
HAUT DE PAGE
Lab-on-a-Chip World Congress http://www.selectbiosciences.com/conferences...
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