Bibliographie & annexes
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RÉSUMÉ
Cet article est consacré à l’enzymologie fonctionnelle. Il décrit succinctement les principales enzymes des structures acellulaires virales et des cellules bactériennes procaryotes disposant d’un niveau d’organisation primitif. Le rôle de chaque enzyme est brièvement mentionné afin de comprendre sa place dans la vie et dans le cycle de multiplication de l’entité qui l’a produite. Sur le plan thérapeutique, cela met en évidence l’intérêt du ciblage de certaines de ces enzymes en vue d’enrayer les infections virales ou bactériennes.
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Lire l’articleAuteur(s)
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Julien Dumond : Docteur en Virologie Enzymologie - Consultant en entreprises pharmaceutiques, Metz, France
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Serge Kirkiacharian : Docteur ès Sciences Physiques, Pharmacien - Professeur émérite de chimie thérapeutique de la faculté des sciences pharmaceutiques et biologiques de l’Université Paris-Sud - Praticien hospitalier chef de service honoraire des Hôpitaux de Paris, France.
INTRODUCTION
Les notions de biologie et de biochimie exposées dans cet article, qui s’inscrit dans une série d’articles consacrés à l’enzymologie fonctionnelle, font intervenir de nombreuses enzymes indispensables à la compréhension du fonctionnement du vivant.
Cet article décrit des enzymes virales et bactériennes dans le cadre du fonctionnement des entités acellulaires et cellulaires qui les ont synthétisées.
L’Union Internationale de Biochimie classe les enzymes en sept familles principales en fonction de la réaction catalysée et selon les codes de la Commission Enzyme (code EC). Cette classification simplifiée, présentée dans l’article [PHA 1 510], peut être consultée en complément de cet article.
Le sujet de cet article porte sur l’étude des enzymes les plus marquantes et importantes retrouvées chez les acellulaires et les bactéries, à l’exclusion des polymérases d’acides nucléiques (EC 2) détaillées dans l’article [PHA 1 510].
Le lecteur trouvera en fin d’article un glossaire et un tableau des sigles et des notations utilisés.
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Conclusion
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2. Enzymes bactériennes
Le stade cellulaire procaryote est atteint au niveau des bactéries. Il s’agit d’un niveau d’organisation vivant où les réactions enzymatiques doivent se produire en relation avec une localisation donnée et une fonction précise à exercer pour la vie de la cellule.
À partir de ce stade, un schéma (figure 3) représentant les différentes composantes bactériennes et les enzymes associées facilite le repérage de ces enzymes dans la cellule et leur fonction.
Des vésicules de gaz, imperméables à l’eau, peuvent également être présentes dans les bactéries influençant leur flottabilité et leur mobilité verticale.
Les constituants bactériens cités ici ne se retrouvent pas dans toutes les bactéries. Les constitutions évoluent d’une bactérie à une autre. Par exemple, toutes les bactéries ne possèdent pas une couche externe supplémentaire de nature polysaccharidique ou protéique. Ces couches externes sont la capsule ou couche mucoïque, quand elle est plus lâche. Ces structures ont des fonctions protectrices, de reconnaissance et sont impliquées dans la pathogénicité (ou virulence) de certaines bactéries. Des bactéries possèdent des éléments moteurs capables de mouvements rotatifs pour leurs déplacements : les flagelles.
La majorité des bactéries possède une paroi dont la constitution peut être différente. La coloration de GRAM est fondée sur la nature de cette structure cellulaire. Elle permet de différencier les bactéries GRAM positives (GRAM +) colorées en violet, présentant une paroi principalement constituée de peptidoglycane (muréine), des bactéries GRAM négatives (GRAM –) colorées en rose avec une paroi pauvre en peptidoglycane et une membrane dont la surface externe est riche en lipopolysaccharides et lipoprotéines. Cette coloration est à la base des diagnostics bactériologiques.
2.1 Capsule
La capsule ou couche mucoïque est formée de polysaccharides ou de protéines. Cette couche est généralement très protectrice vis-à-vis des enzymes exogènes. Elle est très virulente pour l’hôte. Ces capsules sont retrouvées pour les espèces Klebsiella pneumoniae, variicola et oxytoca et Raoultella planticola.
Pour le genre Klebsiella, des enzymes sont nécessaires pour la synthèse...
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Enzymes bactériennes
BIBLIOGRAPHIE
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(1) - BRESSANELLI (S.), LESCAR (J.) - Les enzymes de réplication/transcription des Flaviviridae. - Virologie, 17(1) (2013).
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(2) - LOUIS (J.M.) et al - Kinetics and mechanism of autoprocessing of human immunodeficiency virus type 1 protease from an analog of the Gag-Pol polyprotein. - Proc Natl Acad Sci USA, 91(17), 7970-4 (1994).
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(3) - LOUIS (J.M.) et al - Hydrophilic peptides derived from the transframe region of Gag-Pol inhibit the HIV-1 protease. - Biochemistry, 37(8), 2105-10 (1998).
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(5) - VOITURIN (K.), GUEHO (J.P.) - Les virus de la grippe. - Revue l’UPBM-L’OPÉRON, 48 (2008).
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(6) - KADARE (G.),...
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