Bibliographie & annexes
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RÉSUMÉ
La métabolomique, consistant en l'analyse simultanée des petites molécules présentes dans un système biologique, s'est imposée en nutrition humaine, comme méthode de caractérisation du phénotype, permettant d'avoir une vision intégrée du métabolisme, élément clé pour l'étude des relations complexes nutrition-santé. Cet article présente l'ensemble des méthodologies nécessaires à cette approche, et dont les caractéristiques instrumentales, les protocoles expérimentaux et les méthodes de traitement de données se sont grandement développés ces dernières années.
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Stéphanie DURAND : Responsable technique PlateForme d’Exploration du Métabolisme - Université Clermont Auvergne, INRAE, UNH, Plateforme d’Exploration du Métabolisme, MetaboHUB-Clermont, Clermont-Ferrand, France
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Corinne POUYET : Analyste, spécialiste spectrométrie de masse et lipidomique - Université Clermont Auvergne, INRAE, UNH, Plateforme d’Exploration du Métabolisme, MetaboHUB-Clermont, Clermont-Ferrand, France
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Mélanie PETERA : Ingénieur en statistique, spécialiste métabolomique - Université Clermont Auvergne, INRAE, UNH, Plateforme d’Exploration du Métabolisme, MetaboHUB-Clermont, Clermont-Ferrand, France
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Franck GIACOMONI : Ingénieur de recherche, bioinformatique, spécialiste métabolomique - Université Clermont Auvergne, INRAE, UNH, Plateforme d’Exploration du Métabolisme, MetaboHUB-Clermont, Clermont-Ferrand, France
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Blandine COMTE : Directrice de recherche, spécialiste métabolisme et maladies métaboliques chroniques - Université Clermont Auvergne, INRAE, UNH, Plateforme d’Exploration du Métabolisme, MetaboHUB-Clermont, Clermont-Ferrand, France
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Estelle PUJOS-GUILLOT : Responsable scientifique PlateForme d’Exploration du Métabolisme - Université Clermont Auvergne, INRAE, UNH, Plateforme d’Exploration du Métabolisme, MetaboHUB-Clermont, Clermont-Ferrand, France
INTRODUCTION
Depuis le début des années 2000, les recherches en nutrition se sont tournées vers des approches globales, afin de prendre en compte la complexité de l’alimentation, mais également de la biologie, et mieux explorer les relations nutrition-santé. Au niveau du métabolisme, un changement de paradigme a eu lieu, avec un passage d’une logique réductionniste de l’étude d’un nutriment sur une fonction physiologique et/ou un organe donné, à une logique holistique, analysant l’impact de l’alimentation prise dans son ensemble sur l’organisme. Cette évolution a pu s’opérer d’une part grâce aux progrès réalisés dans les techniques d’analyse appliquées aux sciences du vivant, en termes de sensibilité et de résolution, permettant une meilleure détection des molécules présentes dans les milieux biologiques. D’autre part, les développements dans le domaine informatique ont ouvert la porte à la pleine exploitation des données massives générées. Dans ce contexte, la métabolomique, dernière-née des sciences « omiques », est apparue et a été définie comme l’analyse de l’ensemble des petites molécules présentes et accessibles dans un système biologique. L’intérêt de cette approche réside dans le fait qu’elle permet d’avoir une vision intégrée du métabolisme, proche du phénotype. Cependant, elle consiste en un processus multi-étapes, nécessitant des compétences multidisciplinaires, depuis le design expérimental en passant par l’analyse des échantillons biologiques, le traitement des données générées, pour aller jusqu’à l’exploitation des résultats. Cet article vise donc à présenter les enjeux, principes et méthodologies, spécificités et finalités de l’application de la métabolomique à la nutrition humaine.
Domaine : Techniques d’analyse
Degré de diffusion de la technologie : Croissance
Technologies impliquées : Spectrométrie de masse, résonance magnétique nucléaire
Domaines d’application : Nutrition, santé
Principaux acteurs français :
Centre de compétence : MetaboHUB, Infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique
Société savante : Réseau francophone de métabolomique et fluxomique (RFMF)
Autres acteurs dans le monde : Société savante : Metabolomics Society
Contact : [email protected] ; https://pfem.isc.inrae.fr/
L'expertise technique et scientifique de référence
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Sigles, notations et symboles
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6. Glossaire
Approche data-driven ; data driven
Approche guidée par les données, qui consiste à traiter les données sans a priori ou hypothèse.
Biomarqueurs ; biomarkers
Indicateur (molécule unique, ensemble de molécules ou score) sensible d’un élément, d’un processus biologique ou d’une réponse d’un organisme à un stimulus ou à une intervention.
Lipidomique ; lipidomics
Domaine de métabolomique spécifique à l’analyse des lipides.
Métabolomique ; metabolomics
Mesure quantitative des réponses métaboliques multivariées de cellules, tissus ou d’un organisme, à un stimulus physio(patho)logique ou environnemental ou à une modification génétique.
Phénotype métabolique ; metabolic phenotype
État métabolique d’un individu à un instant donné, produit de facteurs extrinsèques et intrinsèques, aussi considéré comme sa capacité à répondre ou à s’adapter à un challenge (métabolique, nutritionnel…).
Réseau métabolique ; metabolic network
Représentation du métabolisme sous la forme d’un graphe orienté dans lequel les nœuds représentent les métabolites, et les arêtes les réactions ou échanges substrat-produit.
Vélocité ; velocity
Dans un contexte de Big Data, la vélocité indique la vitesse ou le rythme de la collecte des données et de leur mise à disposition pour une analyse ultérieure.
Workflow ; workflow
Modélisation et gestion informatique de l’ensemble des tâches à accomplir et des différents acteurs impliqués dans la réalisation d’un processus (ici la métabolomique).
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Glossaire
BIBLIOGRAPHIE
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(1) - JONES (D.P.), PARK (Y.), ZIEGLER (T.R.) - Nutritional metabolomics: progress in addressing complexity in diet and health. - Annu. Rev. Nutr., 32(1), p. 183-202 (2012).
-
(2) - REZZI (S.) et al - Nutritional metabonomics: applications and perspectives. - J. Proteome Res., 6(2), p. 513-525 (2007).
-
(3) - NICHOLSON (J.K.), LINDON (J.C.), HOLMES (E.) - Metabonomics: understanding the metabolic responses of living systems to pathophysiological stimuli via multivariate statistical analysis of biological NMR spectroscopic data. - Xenobiotica, 29(11), p. 1181-1189 (1999).
-
(4) - MISHUR (R.J.), REA (S.L.) - Applications of mass spectrometry to metabolomics and metabonomics: detection of biomarkers of aging and of age-related diseases. - Mass. Spectrom Rev., 31(1), p. 70-95 (2012).
-
(5) - CASCANTE (M.), MARIN (S.) - Metabolomics and fluxomics approaches. - Essays Biochem, 45, p. 67-81 (2008).
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DANS NOS BASES DOCUMENTAIRES
ANNEXES
1.1 Organismes – Fédérations – Associations
Metabolomics Society : https://metabolomicssociety.org/
Nutrigenomics Association (NUGO) : https://www.nugo.org/
HAUT DE PAGE1.2 Documentation – Formation – Séminaires
Open course platform for metabolomic experts : https://usemetabo.org/
HAUT DE PAGE1.3 Laboratoires – Bureaux d'études – Écoles – Centres de recherche
Infrastructure française en métabolomique et fluxomique MetaboHUB : https://www.metabohub.fr
Réseau francophone de métabolomique et fluxomique (RFMF) : https://www.rfmf.fr/carte-des-sites-de-competences/
Groupe d’étude et de recherche en lipidomique (GERLI) : https://www.gerli.com/
Plateforme des lipidomystes : https://lipidomystes.gerli.com/
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