Bibliographie & annexes
Présentation
En anglais
RÉSUMÉ
La protéomique est une science récente qui étudie les protéines, elle donne ainsi accès à l’expression génique d’une cellule, d’un tissu ou d’un organe, grâce à l'étude des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles. Une analyse protéomique débute par l’extraction des protéines à partir de la matrice biologique, les conditions de cette préparation de l’échantillon, notamment le choix des agents de solubilisation, sont déterminantes. Les protéines sont ensuite séparées et purifiées par électrophorèse bidimensionnelle, puis leur analyse réalisée par spectrométrie de masse. Ces étapes sont généralement suivies de l’identification des protéines et de leur quantification par méthode différentielle ou absolue.
Lire cet article issu d'une ressource documentaire complète, actualisée et validée par des comités scientifiques.
Lire l’articleABSTRACT
Proteomics is a recent science which studies proteins and thus provides access to the genetic expression of a cell, tissue or organ, thanks to the study of proteins and their post-traductional modifications. Proteomic analysis starts with the extraction of proteins from the biological matrix; the conditions for this sample preparation and notably the choice of solubilizers are determining. The proteins are then separated and purified by two-dimensional electrophoresis and their analysis carried out by mass spectrometry. These stages are generally followed by the identification of proteins and their quantification by differential or absolute method.
Auteur(s)
-
Alexia ORTIZ : Miniaturisation pour l'analyse, la synthèse et la protéomique (MSAP), USR CNRS 3290, Université de Lille 1 Sciences et technologies, Villeneuve d'Ascq
-
Caroline TOKARSKI : Miniaturisation pour l'analyse, la synthèse et la protéomique (MSAP), USR CNRS 3290, Université de Lille 1 Sciences et Technologies, Villeneuve d'Ascq
-
Christian ROLANDO : Miniaturisation pour l'analyse, la synthèse et la protéomique (MSAP), USR CNRS 3290, Université de Lille 1 Sciences et technologies, Villeneuve d'Ascq
INTRODUCTION
La protéomique est une science récente qui étudie les protéines. Le terme « protéome », proposé en 1995 , désigne l'ensemble des protéines exprimées par le génome d'une cellule, d'un tissu ou encore d'un organe à un moment précis de son développement.
Même si le séquençage du génome humain est aujourd'hui achevé, l'étude du génome comporte des limites. Sa connaissance ne permet pas d'appréhender la complexité du fonctionnement cellulaire. Un même génome conduit à l'expression de plusieurs protéomes en fonction des étapes du cycle cellulaire, de l'état physiopathologique de la cellule. Enfin, les protéines peuvent subir de nombreuses modifications indépendamment de la seule expression du gène codant. L'analyse protéomique permet donc une description dynamique de la régulation de l'expression génique, grâce à l'étude des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles.
L'analyse protéomique trouve deux champs d'applications : d'une part, l'identification des protéines pour un organisme donné (localisation intracellulaire, interactions protéine-protéine) et, d'autre part, la connaissance des niveaux d'expression des protéines et des effets d'agents extérieurs (pathologies, traitements médicamenteux, facteurs environnementaux, etc.).
L'analyse protéomique repose principalement sur une méthodologie couplant l'électrophorèse bidimensionnelle (2D-PAGE), technique possédant un pouvoir résolutif très élevé, et la spectrométrie de masse. Une analyse protéomique classique peut ainsi se résumer par :
-
extraction des protéines à partir d'un matériel biologique donné ;
-
séparation des protéines par électrophorèse ;
-
analyse de ces protéines par spectrométrie de masse.
Outre ces trois étapes, nous compléterons cette présentation par une description du traitement des données (interrogation de banques de données pour l'identification des protéines et/ou de leurs modifications), une introduction aux approches protéomiques basées sur des techniques alternatives, et pour finier sur les différentes approches d'une étude protéomique ainsi que les différentes techniques de quantification des protéines.
L'expertise technique et scientifique de référence
DOI (Digital Object Identifier)
CET ARTICLE SE TROUVE ÉGALEMENT DANS :
Accueil > Ressources documentaires > Mesures - Analyses > Techniques d'analyse > Analyse des macromolécules biologiques > Analyse des protéines ou protéomique > De l'échantillon biologique aux protéines
Accueil > Ressources documentaires > Procédés chimie - bio - agro > Bioprocédés et bioproductions > Analyse, biocapteurs et technologies omiques > Analyse des protéines ou protéomique > De l'échantillon biologique aux protéines
Cet article fait partie de l’offre
Technologies pour la santé
(131 articles en ce moment)
Cette offre vous donne accès à :
Une base complète d’articles
Actualisée et enrichie d’articles validés par nos comités scientifiques
Des services
Un ensemble d'outils exclusifs en complément des ressources
Un Parcours Pratique
Opérationnel et didactique, pour garantir l'acquisition des compétences transverses
Doc & Quiz
Des articles interactifs avec des quiz, pour une lecture constructive
Présentation
Purification des protéines
En anglais
1. De l'échantillon biologique aux protéines
1.1 Extraction et solubilisation
Quelle que soit l'étude protéomique à réaliser, la préparation de l'échantillon est de loin l'étape qui conditionne toute l'analyse. En effet, toutes les protéines de l'échantillon doivent être non seulement extraites mais également solubles, sans leur partenaire d'interaction (protéine/ADN, protéine/ARN, métabolite, etc.). De plus, dans le cadre de l'électrophorèse bidimensionnelle, les protéines doivent demeurer solubles au voisinage de leur point isoélectrique (pI). Il est par ailleurs évident que l'extraction et la solubilisation doivent être reproductibles. Il existe plusieurs approches décrites dans la littérature . Des kits de solubilisation sont commercialisés. Toutefois, étant donné le degré d'hétérogénéité entre l'origine des échantillons (levures, bactéries, tissus, sérum, plantes), il n'existe pas de protocole universel. C'est pourquoi, les conditions d'extraction et de solubilisation doivent systématiquement être optimisées.
Pour extraire et solubiliser les protéines, plusieurs facteurs sont à prendre en compte : durée, température, pH, concentration protéique de l'échantillon, sels utilisés...
Les agents de solubilisation utilisés doivent être également...
L'expertise technique et scientifique de référence
Cet article fait partie de l’offre
Technologies pour la santé
(131 articles en ce moment)
Cette offre vous donne accès à :
Une base complète d’articles
Actualisée et enrichie d’articles validés par nos comités scientifiques
Des services
Un ensemble d'outils exclusifs en complément des ressources
Un Parcours Pratique
Opérationnel et didactique, pour garantir l'acquisition des compétences transverses
Doc & Quiz
Des articles interactifs avec des quiz, pour une lecture constructive
De l'échantillon biologique aux protéines
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - KAHN (P.) - * - Science, 20, p. 369-370 (1995).
-
(2) - WILKINS (M.R.), SANCHEZ (J.C.), GOOLEY (A.A.), APPEL (R.D.), HUMPHERY-SMITH (I.), HOCHSTRASSER (D.F.), WILLIAMS (K.L.) - * - Biotechnology and Genetic Engineering Reviews, 13, p 19-50 (1995).
-
(3) - HERBERT (B.) - Electrophoresis. - 20, p. 660-663 (1999).
-
(4) - MOLLOY (M.P.) - * - Analytical Biochemistry, 280, p. 1-10 (2000).
-
(5) - RABILLOUD (T.) - Electrophoresis. - 19, p. 758-760 (1998).
-
(6) - RABILLOUD (T.), BLISNICK (T.), HELLER (M.), LUCHE (S.), AEBERSOLD (R.), LUNARDI (J.), BRAUN-BRETON (C.) - Electrophoresis. - 20, p. 3603-3610 (1999).
-
...
L'expertise technique et scientifique de référence
Cet article fait partie de l’offre
Technologies pour la santé
(131 articles en ce moment)
Cette offre vous donne accès à :
Une base complète d’articles
Actualisée et enrichie d’articles validés par nos comités scientifiques
Des services
Un ensemble d'outils exclusifs en complément des ressources
Un Parcours Pratique
Opérationnel et didactique, pour garantir l'acquisition des compétences transverses
Doc & Quiz
Des articles interactifs avec des quiz, pour une lecture constructive
