Bibliographie & annexes
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En anglais
RÉSUMÉ
Comment établir un lien entre les résultats de calculs menés à l’échelle microscopique et des propriétés mesurables à notre échelle macroscopique sur les systèmes matériels réels que l’ingénieur souhaite maîtriser ? L’objectif est double : « valider » le modèle moléculaire atomistique et prédire rapidement et avec précision des propriétés difficiles, coûteuses et longues à mesurer. La première étape est en principe un processus rétroactif en boucle, le modèle moléculaire devant être modifié jusqu’à l’obtention d’une convergence entre propriétés calculées et propriétés simulées. Avec la seconde étape commence l’application technique pour l’ingénieur.
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How do we establish a link between calculation results conducted microscopically and measurable properties on our macroscopic scale on the actual hardware systems engineers wish to control? The objective is twofold: to “validate” the atomic molecular model and predict the properties that are difficult, expensive and time consuming to measure, quickly and precisely. The first step is basically a retroactive loop process, with the molecular model being modified until a convergence between calculated properties and simulated properties is attained. For the engineer, the technical application begins with the second step.
Auteur(s)
-
Hervé TOULHOAT : Ingénieur ENSCP (École nationale supérieure de chimie de Paris) - Docteur-Ingénieur de l’ENSMP (École nationale supérieure des mines de Paris) - Habilité à diriger des recherches (université Pierre-et-Marie-Curie, Paris 6) - Professeur à l’Institut français du pétrole, adjoint au Directeur scientifique
INTRODUCTION
Ce dossier a pour but de montrer comment un lien peut être établi entre les résultats de calculs menés à l’échelle microscopique, c’est‐à‐dire sur un échantillon représentatif d’atomes en interaction, et des propriétés mesurables à notre échelle macroscopique sur les systèmes matériels réels que l’ingénieur souhaite maîtriser.
L’objectif est normalement double avec deux étapes en séquence :
-
« valider » le modèle moléculaire atomistique, c’est‐à‐dire s’assurer que l’hypothèse chimique et structurale qu’il représente est en accord avec la réalité ;
-
prédire rapidement et avec précision des propriétés difficiles, coûteuses et longues à mesurer.
La première étape est en principe un processus rétroactif en boucle, le modèle moléculaire devant être modifié jusqu’à l’obtention d’une convergence entre propriétés calculées et propriétés simulées. Avec la seconde étape commence l’application technique pour l’ingénieur.
La liste des méthodes de calcul de propriétés présentée dans cette section reflète avant tout un choix de l’auteur influencé notamment par son expérience et ses orientations personnelles en recherche. Cette liste n’est pas exhaustive des possibilités offertes par la modélisation moléculaire. Elle tente néanmoins de répertorier les méthodes les plus fréquemment sollicitées dans un contexte de recherche-développement à finalité industrielle.
Ce dossier complète les publications et sur les bases théoriques de la modélisation moléculaire. Le dossier , après quelques considérations générales, expose les notions élémentaires de physique statistique, de mécanique moléculaire et de mécanique quantique à connaître pour situer l’assise scientifique des méthodes numériques contemporaines de modélisation et simulation moléculaire. Le dossier présente plus en détail la gamme des méthodes de chimie quantique, qui comprend les méthodes de type « Hartree-Fock » et « post Hartree-Fock », d’une part, et les méthodes basées sur la théorie de la fonctionnelle de la densité électronique, d’autre part (DFT).
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Propriétés thermodynamiques
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2. Spectroscopies de vibration
Ce paragraphe présente le calcul des modes normaux de vibration autour de leur position d’équilibre des atomes inclus dans un modèle atomistique (molécule isolée ou modèle périodique). Les fréquences de ces modes correspondent au domaine spectral de l’infrarouge moyen à lointain allant grosso modo de 4 000 à quelques centaines de cm–1. Une prédiction est en principe possible pour l’ensemble des modes de vibration accessibles, tandis que seuls les modes obéissant aux règles de sélection inhérentes à une technique spectroscopique expérimentale sont observables par cette technique.
Deux approches sont envisageables :
-
le calcul de la matrice des constantes de force dans le cadre de l’approximation harmonique ;
-
le calcul de la transformée de Fourier de la fonction d’autocorrélation des vitesses issue d’une simulation de dynamique moléculaire.
Cette deuxième approche est susceptible de fournir directement le spectre infrarouge du matériau simulé en s’affranchissant de l’approximation harmonique.
L’approximation harmonique revient à considérer chaque atome comme confiné autour de sa position d’équilibre dans un puits de potentiel de forme parabolique. En d’autres termes, l’énergie totale instantanée du système en vibration est développée à l’ordre 2 en fonction des déplacements atomiques cartésiens pondérés en masse qi :
avec :
- N :
- nombre d’atomes.
Le déplacement qik a pour expression :
où Mi est la masse et xik est l’une des trois coordonnées cartésiennes de l’atome i, et l’indice eq indique la position d’équilibre (par la suite, on contracte le double indice ik en l’indice i , variant de 1 à 3N ).
Les dérivées...
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Spectroscopies de vibration
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - DAL MASO (F.), BENKEMOUN (J.), TOULHOAT (H.) - Possibilités actuelles du calcul des constantes élastiques de polymères par des méthodes de simulation atomistique. - Revue de l’Institut Français du Pétrole, 52, 6, p. 625-641, Éditions Technip, nov.-déc. 1997.
-
(2) - HAFNER (J.) - Vibrational spectroscopy using ab-initio density-functional techniques (Spectroscopie vibrationnelle à partir de techniques de calcul ab initio basées sur la fonctionnelle de la densité). - Journal of Molecular Structure, 651-653, p. 3-17 (2003).
-
(3) - UGLIENGO (P.) - ANHARM-A program to solve numerically the mononuclear Schrödinger equation (ANHARM – Un programme pour la résolution numérique de l’équation de Schrödinger mononucléaire). - http://ccp14.sims.nrc.ca/ccp/ccp14/ftp-mirror/anharm/pub/ ANHARM/
-
(4) - HEHRE (W.J.), RADOM (L.), SCHLEYER (P.), POPLE (J.A.) - Ab initio molecular orbital theory (Théorie ab initio des orbitales moléculaires). - John Wiley & Sons, 548 p. (1986).
-
(5) - VAN SANTEN (R.A.), NIEMANDSVERDRIET (J.W.) - Chemical...
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