Méthodes alternatives de microbiologie (AMM)
Analyses en microbiologie - Nouvelles méthodes de mesure des micro-organismes environnementaux

Dans la plupart des domaines d’activité concernés par la contamination microbiologique de l’environnement (pharmaceutique, agro-alimentaire, autres industries et secteur de la santé), le mesurage de la contamination de l’air, des surfaces et de l’eau est réalisé par un comptage de colonies sur gélose, ou de plages virales en culture cellulaire, après collecte des micro-organismes (par impaction pour l’air, par contact pour les surfaces, et par prélèvement d’eau). Le résultat est donné en UFC (unités formant colonies) ou UFP (unités formant des plages de lyse cellulaire), par mètre cube d’air, par centimètre carré de surface, ou par millilitre ou litre d’eau.

Les critères de classification des micro-organismes isolés correspondent à des aspects morphologiques ou à des caractéristiques chimiques (coloration, métabolisme, résistance à certains antimicrobiens, etc.). Le résultat est ainsi obtenu, dans le meilleur des cas, en 24 à 48 h, mais il peut prendre jusqu’à plusieurs jours, voire semaines, pour des micro-organismes à culture lente. De plus, il a été suggéré que seulement 1 à 2 % de toutes les bactéries environnementales sont cultivables sur des milieux de culture.

Depuis les années 1980, l’essor de nouvelles méthodes d’analyse microbiologique, et la mise à disposition progressive de ces méthodes dans les laboratoires de microbiologie environnementale, ou sur site, ont introduit de nouveaux critères d’identification microbienne. Ces nouvelles méthodes, de par leur nature, sont généralement associées à des résultats plus sensibles, plus précis, plus reproductibles, tout en étant capables de confirmer, ou d’infirmer, une contamination microbienne très rapidement. Cela permet une mise en place rapide et adaptée des mesures de protection efficaces, ou de désinfection le cas échéant.

Parmi ces nouvelles méthodes, il est classique de distinguer les méthodes rapides de microbiologie (méthodes ou instruments permettant d’obtenir une détection rapide, en comparaison avec les méthodes traditionnelles, mais nécessitant une croissance des micro-organismes), et les méthodes alternatives de microbiologie qui, outre leur rapidité, ne nécessitent pas la multiplication des micro-organismes. La classification des méthodes rapides et alternatives dépend généralement de leur technologie, c’est-à-dire la croissance du micro-organisme, sa viabilité, la présence/absence de composés cellulaires, la reconnaissance et la lecture de l’acide nucléique. Elles peuvent fournir des résultats qualitatifs (présence ou absence de contamination microbienne), quantitatifs (résultats numériques donnant le nombre de micro-organismes présents) et discriminatifs (identification de l’espèce microbienne présente).

L’utilisation de ces nouvelles méthodes, en complément d’une analyse par culture, permet de surpasser les limitations des méthodes traditionnelles d’identification microbienne, telles que la détection de bactéries non cultivables, les délais inhérents à la mise en culture de micro-organismes pour obtenir un résultat, la subjectivité lors des comptages de colonies ou même l’interprétation des colorations (par exemple, méthode de Gram) .

L’objet de cet article est de décrire et de situer la place de ces nouvelles méthodes d’analyse microbiologique dans le cadre des environnements microbiens de différents secteurs d’activité. Il apporte un complément au premier volet [P 3 355] des méthodes traditionnelles d’analyses microbiologiques de l’environnement (air, surfaces, eau).