Les puces à ADN
Puces à ADN

2.1 Principe

Comme décrit précédemment, l’ADN est présent dans la cellule sous forme d’un double brin, la séquence de chaque brin (c’est-à-dire la succession des nucléotides) étant parfaitement complémentaire de la séquence du brin en vis-à-vis (cf. figure 2).

C’est ce principe qui sert de base au concept des puces à ADN, comme à beaucoup d’autres techniques utilisées en biologie moléculaire, d’ailleurs.

Les puces à ADN sont en fait des supports fonctionnalisés en verre ou en silicium, de petite taille (la taille d’une lame de microscope : 25 mm × 75 mm) sur lesquels vont être synthétisées directement, ou greffées après synthèse, des milliers de séquences d’ADN nucléiques, appelées sondes, caractéristiques d’autant de gènes (entre 5 000 et 12 000) (figure 4).

La synthèse directe sur la lame est très onéreuse et peu souple car elle nécessite la conception de masques différents pour chaque étape de couplage entre deux nucléotides. Aussi la méthode de greffage des sondes après synthèse se révèle être la plus couramment utilisée : moins coûteuse, elle permet de déposer n’importe quelle sonde déjà synthétisée. Ces puces à ADN sont ensuite mises en contact avec l’ensemble des transcrits issus d’une cellule, les cibles, marqués par un fluorochrome. C’est l’étape d’hybridation. Pendant cette étape, les séquences cibles marquées du fluorochrome reconnaissent, parmi les séquences sondes greffées sur la puce, celles qui leur sont complémentaires et s’y apparient. Après hybridation, les hybrides cibles/sondes, sont repérés et quantifiés grâce à leur fluorescence.

Outre le fait que l’on peut, grâce aux puces à ADN, analyser en un même temps un nombre considérable de séquences, l’utilisation de 2 fluorochromes différents [un rouge (Cy5Ô) et un vert (Cy3Ô) par exemple] permet de comparer les niveaux d’expression relatifs de 2 transcriptomes différents sur une même puce. On obtient alors, en une seule étape et donc dans des conditions rigoureusement...