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Nouveaux outils d’étude des composants moléculaires de la cellule, les puces à ADN ont permis la mesure massivement parallèle de la concentration à l’équilibre des ARNm. Un grand nombre d’applications peuvent être envisagées comme l’étude des réseaux génétiques au sein d’une cellule ou l’obtention de signatures moléculaires caractéristiques d’un type de cellule, d’une pathologie ou d’un patient.
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Principales utilisations des puces à ADN3. Acquisition de l’image et analyse des données
Après la lecture des lames par un scanner qui permet de mesurer la fluorescence de chaque spot sur la lame, il convient d’analyser les images obtenues pour pouvoir en extraire une indication sur le différentiel d’expression pour chacun des gènes présents sur la puce.
L’analyse d’image se fait en trois étapes :
-
localisation des spots, c’est-à-dire déter-mination des coordonnées de chaque spot sur la puce ;
-
segmentation des spots qui permet de discriminer, pour chaque spot, les pixels « signal » des pixels « bruit de fond » ;
-
extraction des données : elle consiste à définir, pour chaque spot, des paires d’intensités du signal Cy3Ô et Cy5Ô. (figure 9)
Les valeurs brutes obtenues à l’issue de l’analyse d’image sont ensuite filtrées et normalisées pour obtenir des valeurs relatives ou ratio d’expression, pour chacun des gènes présents sur la puce.
Si l’on réalise le marquage au jour J, l’hybridation de la puce se fait sur la nuit, l’acquisition de l’image survient le jour suivant (J+1). L’analyse de l’image peut se faire dans la journée J+1 voire J+2 (selon le nombre de spots à analyser).
3.1 Localisation des spots
Pour localiser les spots, il faut utiliser un « masque », une grille théorique définie par des critères précis pour la disposition des lignes et colonnes, en fonction du plan de dépôt. Ce masque est placé sur l’image pour repérer chacun des spots. Ce repérage doit être simple, rapide, automatique et précis.
En effet, si l’expérimentateur devait réajuster manuellement 10 000 spots par puce, cela pourrait prendre énormément de temps. Il faut donc trouver le juste équilibre entre la précision du repérage et le gain de temps, car une bonne localisation des spots est essentielle pour la suite de l’analyse.
HAUT DE PAGE3.2 Segmentation des spots
La segmentation est un processus de classification des pixels d’une image, en fonction de leurs propriétés. Pour les puces à ADN, la segmentation permet...
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