Bibliographie & annexes
Présentation
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RÉSUMÉ
La PCR (réaction de polymérisation en chaîne) digitale représente un saut technologique dans la détection et la quantification de séquences rares d'ADN, comme certaines mutations spécifiques des tumeurs. La détection de ces séquences est d'un grand intérêt pour la prise en charge clinique des patients. En effet, leur détection dans les tumeurs ou les fluides biologiques, comme le plasma ou l'urine, pourrait permettre d'adapter le traitement aux caractéristiques moléculaires précises de la tumeur et de limiter les risques de récidive. Après une rapide présentation du contexte des recherches, l'article se penche sur le cancer et ses biomarqueurs, afin d'enchaîner sur l'émergence de la PCR digitale, et enfin explore les perspectives et potentielles évolutions de la PCR digitale.
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Philippe NIZARD : Ingénieur de recherche au sein de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France
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Aurélie KROL : Ingénieur de recherche au sein de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France
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Pierre LAURENT-PUIG : PU-PH, Directeur de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France
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Valérie TALY : Chargée de recherche CNRS (CR1) - Responsable du groupe « Recherche translationnelle et microfluidique », Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France
INTRODUCTION
Domaine : Analyse génétique
Degré de diffusion de la technologie : Émergence | Croissance | Maturité
Technologies impliquées : Microfluidique, PCR digitale, PCR, PCR quantitative, biologie moléculaire
Domaines d'application : Recherche de biomarqueurs du cancer
Principaux acteurs français : GDR Micro et Nano Fluidique
Contact : [email protected] ; [email protected]
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Contexte
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5. Glossaire – Définitions
ADN (DNA) :
Acide désoxyribonucléique.
ARN (RNA) :
Acide ribonucléique.
PCR (Polymerase Chain Reaction) :
Réaction de polymérisation en chaîne.
Séquençage de Sanger :
Technique de séquençage dite « par terminaison de chaîne ».
NGS (Next Generation Sequencing) :
Séquençage de nouvelle génération.
qPCR (quantitative PCR or real time PCR) :
PCR quantitative ou en temps réel.
PDMS (poly(diméthylsiloxane)) :
Polymère transparent avec lequel on peut fabriquer des puces de microfluidique.
Dilution limite :
Dilution calculée de façon à n'avoir qu'un objet (molécule d'ADN, cellule…) par compartiment.
Monodisperse :
Caractérise des particules de taille similaire (dans une émulsion ou un colloïde).
Sondes fluorescentes :
FAM™ : 6-carboxyfluorosceine ; max Ex 494 nm – max EM 517 nm.
NED™ : structure chimique non disponible (propriété de Life Technologies) ; max Ex 553 nm – max EM 575 nm.
VIC® : structure chimique non disponible (propriété de Life Technologies) ; max Ex 538 nm – max EM 554 nm.
Tests de détection :
TaqMan : mot dérivé de Taq polymérase et de PacMan.
CAST : Competitive Allele Specific TaqMan.
ARMS : Amplification refractory mutation system.
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Glossaire – Définitions
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - KRZYSZTOF (C.), TOMASZ (S.K.), SLAWOMIR (J.) et al - Rapid screening of antibiotic toxicity in an automated microdroplet system. - Lab. Chip., 12, p. 1629-1637 (2012).
-
(2) - BROUZES (E.), MEDKOVA (M.), SAVENELLI (N.) et al - Droplet microfluidic technology for single-cell high-throughput screening. - Proc. Natl. Acad. Sci., États-Unis, 106, p. 14195-14200 (2009).
-
(3) - STRAIN (M.C.), LADA (S.M.), LUONG (T.) et al - Highly precise measurement of HIV DNA by droplet digital PCR. - PLoS One, 8 (2013).
-
(4) - EVANS (M.I.), WRIGHT (D.A.), PERGAMENT (E.) et al - Digital PCR for noninvasive detection of aneuploidy : power analysis equations for feasibility. - Fetal diagnosis and therapy, 31, p. 244-247 (2012).
-
(5) - TALY (V.), PEKIN (D.), EL ABED (A.), LAURENT-PUIG (P.) - Detecting biomarkers with microdroplet technology. - Trends. Mol. Med., 18, p. 405-416 (2012).
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