Autocalibration spatio-temporelle d'une biopuce dynamique
Biopuces dynamiques et imagerie en mode de plasmon de surface

Outre l'accès aux données dynamiques concernant les réactions d'hybridations/ déshybridations, ce type de mesure « temps réel » permet de mettre en œuvre des protocoles de mesures permettant la mise en œuvre de puissantes techniques d'autocalibration de chaque jeu de mesures. En effet, il est possible de faire précéder un cycle de mesures souhaitées sur des interactions à caractériser par un autre jeu de mesure « standard » qui permet de calibrer la réponse du capteur en toute zone de la surface avec la précision spatiale des pixels de la caméra utilisée.

Concrètement, il est possible de réaliser trois cycles temporels de séries de mesures spatiales. Notons que l'ordre chronologique de ces trois cycles n'est pas imposé. Le cycle d'hybridation des solutions à caractériser est corrigé par les deux autres cycles corrigeant les inhomogénéités spatiales du lecteur et de la biopuce.

• Une première série de mesures d'autocalibration (spatiales en parallèle sur tous les plots de la biopuce) consiste à faire passer sur la surface de la biopuce (zone grisée) une solution tampon d'indice optique sensiblement plus élevé que celui utilisé pour la mesure, (typiquement du tampon PBS 1.25X au lieu de PBS 1X dans notre cas). Cela va directement mesurer en tout point de la surface d'analyse les variations de réflectivités ΔR correspondant à la variation d'indice Δn, c'est-à-dire du coefficient de transduction ΔR/Δn (x,y). Cette mesure de calibration permet de s'affranchir de la dispersion de toutes les inhomogénéités spatiales du coefficient de transduction. Cette correction concerne l'ensemble de fluctuations spatiales qui sont quasi invariantes temporellement, notamment les inhomogénéités dans, par exemple, l'épaisseur des films métalliques utilisés, l'angle d'incidence du faisceau optique sur la surface, la distribution de température, etc. Elle ne corrige pas les effets d'inhomogénéité variant à l'échelle de la durée de la mesure, et elle ne quantifie aucunement la spécificité biochimique de l'ensemble des plots de la surface. Cela corrige les variations spatiales du coefficient de transduction.

• Une seconde série de mesures (zone bleutée) d'autocalibration consiste à mettre la surface de la biopuce en contact avec une solution cible de calibration connue et à mesurer la réponse du système. Dans ce cas, la solution la plus efficace consiste à...