Bibliographie & annexes
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RÉSUMÉ
Les phages sont probablement les entités biologiques les plus diversifiées et abondantes sur Terre. Ces virus de procaryotes représentent une manne biotechnologique conséquente qui a été exploitée dès leur découverte en 1915. Ces applications touchent des secteurs industriels extrêmement variés comme l'agronomie, l'agroalimentaire, le biomédical et tant d'autres en devenir. Cet article propose de revenir sur le succès biotechnologique des phages. Tout d'abord l'accent sera donné sur les raisons de ce succès, c’est-à-dire, "l'inventivité" biologique et écologique des phages. Par la suite, un tour d'horizon des différentes applications biotechnologies concrètes sera exposé.
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Florian LELCHAT : Directeur scientifique Leo viridis, Plouzané, France
INTRODUCTION
Les phages, ou bactériophages, sont des virus de procaryotes. Ce sont des entités biologiques qui requièrent de détourner la machinerie cellulaire de leurs hôtes pour accomplir leur cycle de réplication. Les phages sont intimement liés aux caractéristiques écophysiologiques de leurs hôtes. De ce fait, ils ont développé différentes stratégies au cours de leur évolution afin de maintenir un équilibre dynamique hôte/virus nécessaire à leur survie. Ce potentiel adaptatif s’est révélé particulièrement inventif et très intéressant d’un point de vue biotechnologique. Dès leurs premières descriptions, les phages ont trouvé des applications biotechnologiques dans des secteurs industriels clefs comme l’agronomie, l’agroalimentaire, le secteur biomédical sous la forme de stratégies alternatives aux biocides tant en biocontrôle qu’en curatif. Ils ont également été exploités comme plateforme de bioprocédés (exemple : phage display) ou comme source de biomolécules innovantes (exemple : enzymes). Cependant, au bout d’un siècle, la place des phages dans les biotechnologies demeure encore restreinte au regard de leur réel potentiel. Les raisons en sont nombreuses. À titre d’exemple, si l’on s’intéresse à l’utilisation des phages comme outils sanitaires (thérapie phagique ou biocontrôle), le caractère « biologique » des phages est à la fois leur grande force mais également leur plus grande faiblesse. Un avantage indéniable par rapport à un biocide chimique est leur nature autoréplicative qui ne nécessite pas d’effet dose/réponse. Néanmoins, l’efficacité de l’approche requiert de parfaitement maîtriser le processus de propagation, ce qui est bien plus complexe que dans le contexte de l’utilisation d’un agent purement chimique. Cet article expose dans un premier temps les raisons du potentiel biotechnologique des phages en s’intéressant à leurs caractéristiques biologiques et écologiques. Par la suite, des exemples d’exploitations biotechnologiques concrets sont étudiés dans divers secteurs industriels.
ADNdb : ADN double brin
ADNsb : ADN simple brin
ARNdb : ARN double brin
ARNsb : ARN simple brin
CAZyme : Carbohydrate Active enZyme
CBD : Cell Binding Domain (domaine de liaison à la cellule)
Cd : Constante d’adsorption
CFU · m–2 : Colony Forming Unit (nombre de colonies formées par m2)
dp : degré de polymérisation d’un polymère
EPS : ExoPolySaccharide
LPS : LipoPolySaccharide
MOI : Multiplicity Of Infection (multiplicité d’infection, nombre de phages pour un hôte)
pb : paire de bases nucléiques complémentaires
PCR : Polymerase Chain Reaction
PFU · mL–1 : Plaque Forming Unit en phages par mL
RBP : Receptor Binding Protein (protéine de liaison au recepteur PLR)
TEM (ou MET) : Transmission Electron Microscopy (Microscope Electronique à Transmission)
VPR : Virus to Prokaryote Ratio (ratio moyen virus/procaryote)
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Conclusion/prospective
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3. Phages source d’incidents en biotechnologie
Il est unanimement admis que l’apport des phages aux biotechnologies est globalement très positif. Cependant, il est à noter un certain nombre d’incidents dans lesquels sont régulièrement impliqués des phages. Ces problèmes interviennent uniquement durant des procédés de fermentations en conditions contrôlées pour l’industrie agroalimentaire, la biochimie ou l’énergie. La fermentation microbienne (levures et/ou bactéries) est utilisée depuis des temps immémoriaux, tout d’abord pour la fabrication d’aliments, et représente, de fait, la plus vieille conquête biotechnologique de l’humanité. Les premiers hydromels furent brassés au début du néolithique (environ 7 000 ans avant JC) et les premiers laits fermentés (kéfir, yaourt ou fromage) à peu près à la même époque . Si les levures semblent, relativement, épargnées par les mycovirus (virus de champignons) durant les processus de fermentation, il n’en est absolument pas de même pour les bactéries par les phages.
Les principaux problèmes dus aux phages en fermentation bactérienne sont historiquement rencontrés dans l’industrie laitière . Les bactéries lactiques massivement utilisées pour la fabrication de fromage, yaourt, vin mais aussi saumures et charcuteries sont naturellement les proies de phages. Dans le cas de culture en fermenteurs industriels, comme, par exemple, pour le yaourt,...
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Phages source d’incidents en biotechnologie
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - D’HÉRELLE (F.) - Sur un microbe invisible antagoniste des bacilles dysentériques. - CR Acad. Sci. Paris, 165, p. 373-375 (1917).
-
(2) - MULLINS (N.C.) - The development of a scientific specialty : the phage group and the origins of molecular biology. - Minerva, p. 51-82 (1972).
-
(3) - SALMOND (G.P.), FINERAN (P.C.) - A century of the phage : past, present and future. - Nature Reviews Microbiology, 13(12), p. 777-786 (2015).
-
(4) - LWOFF (A.), SIMINOVITCH (L.), KJELDGAARD (N.) - Induction of the production of bacteriophages in lysogenic bacteria. - In Annales de l’Institut Pasteur, vol. 79, n° 6, p. 815-859, déc. 1950.
-
(5) - FREEMAN (V.J.) - Studies on the virulence of bacteriophage-infected strains of Corynebacterium diphtheriae. - Journal of bacteriology, 61(6), p. 675 (1951).
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...
ANNEXES
1.1 Laboratoires – Bureaux d’études – Écoles – Centres de recherche (liste non exhaustive)
PHERECYDES PHARMA http://www.pherecydes-pharma.com
LEO VIRIDIS http://www.leoviridis.fr
Eligo Bioscience https://eligo.bio/
CLEAN CELLS http://www.clean-cells.com
Centre de référence pour les virus bactériens Félix d’Hérelle, GREB, Pavillon de Médecine Dentaire Université Laval, QC, Canada, G1V 0A6 http://www.phage.ulaval.ca
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