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Lire l’articleINTRODUCTION
L'architecture RDISK est un système prototype composé d'un cluster de 48 nœuds spécialisés comprenant chacun un disque dur étroitement connecté à un composant FPGA. L'objectif est de filtrer les banques de données génomiques à la volée, c'est-à-dire sans ralentir la lecture d'information en provenance des disques. En fonction de la nature des requêtes, le système se reconfigure automatiquement.
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Conclusion - Perspectives4. Applications
Le système RDISK a été testé sur plusieurs types d'applications bioinformatiques et a prouvé son efficacité par rapport à l'usage d'un cluster standard. Nous décrivons maintenant deux applications. La première est générique et concerne le problème standard de recherche de similarité dans les banques . La seconde est un exemple plus concret qui montre les performances du système sur un pipeline logiciel bioinformatique mis au point en collaboration avec le laboratoire Génétique et Développement (unité CNRS UMR6061) pour la découverte de nouveaux gènes liés à l'odorat chez le chien .
4.1 Recherche de similarités dans les banques
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Applications
BIBLIOGRAPHIE
-
(1) - GENBANK, BENSON (D.A.), KARSCH-MIZRACHI (I.), LIPMAN (D.J.), OSTELL (J.), WHEELER (D.L.) - * - Nucleic Acids Res., 35, (Database issue), D21-5, janv. 2007.
-
(2) - LIOLIOS (K.), TAVERNARAKIS (N.), HUGENHOLTZ (P.), KYRPIDES (N.C.) - The Genomes On Line Database (GOLD) v.2 : a monitor of genome projects worldwide. - Nucleic Acids Res., 34, (Database issue), D332-4, 1 janv. 2006.
-
(3) - NEEDLEMAN (S.), WUNSCH (C.) - A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. - J. Mol. Biol., 48(3), p. 443-53 (1970).
-
(4) - SMITH (T.F.), WATERMAN (M.S.) - Identification of common molecular subsequences. - J. Mol. Biol., 147(1), p. 195-7, 25 mars 1981.
-
(5) - LAVENIER (D.), GIRAUD (M.) - Bioinformatics Applications. In Reconfigurable Computing : Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays. - GOKHALE (M.B.), GRAHAM (P.S.) editor, chapter 9, Springer (2005).
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