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1 - ASPECTS PRATIQUES DE L’IMAGERIE DE L’ADN PAR AFM

2 - SURFACES ET IMAGERIE PAR AFM DES ACIDES NUCLÉIQUES

3 - APPLICATIONS

4 - CONCLUSION

Article de référence | Réf : RE115 v1

Surfaces et imagerie par AFM des acides nucléiques
Techniques d'observation des acides nucléiques et des complexes nucléoprotéiques par AFM

Auteur(s) : Loïc HAMON, Patrick A. curmi, David PASTRE

Relu et validé le 01 janv. 2023

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RÉSUMÉ

L'expérimentateur qui souhaite observer des biomolécules peut choisir parmi plusieurs systèmes d’imagerie, dont la microscopie à force atomique (AFM). L'obtention d'une image par AFM se fait par le balayage d'une surface par un microlevier terminé par une pointe de dimension nanométrique. Les déplacements du microlevier sont commandés par les déformations d'une céramique piézo-électrique sous l'effet de la tension qui lui est appliquée. Ainsi interagissent la surface du substrat, l’ADN et éventuellement des protéines. Après un rappel des principes de base de fonctionnement de l’AFM, cet article permet d’établir théoriquement et expérimentalement les conditions pour l’obtention d’informations pertinentes concernant l'interaction propre entre les biomolécules. Les améliorations de cette technique reposent essentiellement sur l’augmentation de la résolution latérale et de la vitesse de balayage.

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ABSTRACT

Observation techniques of nucleic acids and nucleoprotein complexes by AFM

The experimenter who whishes to observe biomolecules can choose between several systems of imagery, including the atomic force microscopy (AFM). Obtaining an image via AFM is achieved by scanning a surface with a microlever ending in a nanometer-sized point. The movements of the microlever are controlled by the deformations of a piezo-electric ceramic under the effects of the applied voltage. Thus the surface of the substrate, the DNA and possibly proteins interact. After having recalled the basic operating principles of the AFM, this article allows for the theoretical and experimental establishment of the conditions for obtaining accurate information concerning the specific interaction between the biomolecules. This technique is essentially improved by increasing the lateral resolution and the scanning speed.

Auteur(s)

INTRODUCTION

Dans un système d'imagerie biomoléculaire comme la microscopie à force atomique (AFM) où plusieurs partenaires interagissent, ici la surface du substrat, l'ADN et éventuellement des protéines, il est primordial d'établir théoriquement et expérimentalement les conditions permettant d'obtenir des informations biologiquement pertinentes concernant l'interaction propre entre les biomolécules.

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DOI (Digital Object Identifier)

https://doi.org/10.51257/a-v1-re115


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2. Surfaces et imagerie par AFM des acides nucléiques

L'observation des acides nucléiques ou des complexes impliquant des protéines par AFM nécessite d'adsorber et d'étaler ces molécules sur la surface d'un substrat. Les interactions entre la biomolécule et le substrat doivent influencer le moins possible les propriétés des biomolécules comme sa structure et sa réactivité et ce malgré le changement de dimensionnalité (passage de 3D à 2D au cours de l'adsorption). Cela implique un compromis d'adsorption entre surface et biomolécules où ces dernières doivent pouvoir s'équilibrer sur la surface et interagir librement avec leurs partenaires tout en étant suffisamment accrochées sur la surface pour pouvoir être imagées avec la meilleure résolution possible.

De nombreux types de surface ont été utilisés à ce jour pour imager les biomolécules et leurs complexes par AFM mais l'utilisateur peut facilement en sélectionner 3 dont les champs d'application sont complémentaires :

  • le mica est le substrat de référence pour observer des molécules biologiques et notamment les acides nucléiques  et leurs complexes en raison de sa planéité à l'échelle atomique et de ses propriétés de surface ;

  • les substrats fonctionnalisés par des silanes  : 3-aminopropyléthoxy silane (APTES) ou 1-(3-aminopropyl)silane (APS). La surface obtenue présente des groupes chargés positivement induisant une accroche des acides nucléiques (polyanions) relativement indépendante de la composition du tampon. Très peu de complexes ADN/protéine ont été à ce jour caractérisés sur ces surfaces, certainement du fait que la forte interaction avec la surface induit des changements importants dans les complexes lors de l'adsorption sans oublier une perte de la résolution due à la souplesse...

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BIBLIOGRAPHIE

  • (1) - RIVOAL (J.C.), FRETIGNY (C.) -   Microscopie à Force Atomique.  -  [R 1 394], Mesures – Essais (2005).

  • (2) - HANSMA (H.G.) -   Surface biology of DNA by atomic force microscopy.  -  Annu. Rev. Phys. Chem., 52, p. 71-92 (2001).

  • (3) - LYUBCHENKO (Y.L.) -   DNA structure and dynamics. An atomic force microscopy study.  -  Cell Biochem. Biophys., 41, p 75-98 (2004).

  • (4) - MÜLLER (D.J.), SAPRA (K.T.), SCHEURING (S.), KEDROV (A.), FREDERIX (P.L.), FOTIADIS (D.), ENGEL (A.) -   Single-molecule studies of membrane proteins. Current Opinion in Structural Biology.  -  16/4, p. 489-495 (2006).

  • (5) - MILHIET (P.E.), GIOCONDI (M.C.), LE GRIMELLEC (C.) -   Cholesterol is not crucial for the existence of microdomains in kidney brush-border membrane models.  -  J. Biol. Chem., 277, p. 875-878 (2002).

  • (6) - PASHLEY (R.M.) -   Hydration...

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