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RÉSUMÉ
Les méthodes de modélisation moléculaire continuent d'évoluer fortement, de même que leurs implémentations logicielles. Par ailleurs, le rythme d'amélioration des architectures, de la capacité mémoire, de la puissance graphique et du débit d'opérations arithmétiques élémentaires des machines reste tel que tout investissement est frappé d'obsolescence en moins de trois ans. L'accent est donc mis sur l'indispensable ouverture que doit cultiver tout praticien, tant aux nouvelles méthodes, qu'à l'évolution de son environnement et de ses moyens informatiques.
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Molecular-modeling methods continue to evolve significantly, as do their software implementations. Furthermore, the rate of improvement of architectures, memory capacity, graphics power and machine elementary-arithmetic-operations throughput is such that any investment becomes obsolete within three years. Emphasis is thus placed on the indispensable adaptability that all practitioners must cultivate, both for new methods as well as for the evolution of their environment and information technology resources.
Auteur(s)
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Hervé TOULHOAT : Ingénieur ENSCP (École nationale supérieure de chimie de Paris) - Docteur ingénieur de l'ENSMP (École nationale supérieure des mines de Paris) - Habilité à diriger des recherches (université Pierre-et-Marie-Curie, Paris VI) - Professeur à l'Institut français du pétrole - Adjoint au directeur scientifique
INTRODUCTION
Le présent dossier complète la série consacrée à la modélisation moléculaire, qui en présente successivement les bases théoriques [J 1 011], [J 1 012] et [J 1 013] et la mise en œuvre, illustrée par quelques exemples d'application [J 1 014]. Il s'agit maintenant de dresser un catalogue commenté des logiciels utilisés dans le domaine et de proposer quelques critères généraux pour l'équipement d'un laboratoire.
L'inventaire présenté ci-après ne prétend pas à rendre compte de l'intégralité de l'offre commerciale ou académique actuelle. L'auteur a fait le choix de se restreindre aux outils dont il a une expérience personnelle plus ou moins approfondie. Toutefois, ces outils sont également les plus largement utilisés par les praticiens de la modélisation moléculaire.
La conclusion tient lieu de conclusion générale pour la série : les méthodes de modélisation moléculaire continuent d'évoluer fortement, de même que leurs implémentations logicielles. Par ailleurs, le rythme d'amélioration des architectures, de la capacité mémoire, de la puissance graphique et du débit d'opérations arithmétiques élémentaires des machines reste tel que tout investissement est frappé d'obsolescence en moins de trois ans. L'accent est donc mis sur l'indispensable ouverture que doit cultiver tout praticien, tant aux nouvelles méthodes, qu'à l'évolution de son environnement et de ses moyens informatiques.
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Conclusions et perspectives3. Logiciels commerciaux
Les logiciels cités, accompagnés de leur lien, sont récapitulés dans le tableau 2.
3.1 Accelrys Inc.
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Accelrys (côtée au NASDAQ, plus de 500 employés) est la plus importante société mondiale de production et distribution de logiciels de modélisation moléculaire. Elle est issue de fusions et acquisitions successives, mais à l'origine se trouve Biosym, fondée au milieu des années 1980 à San Diego (Californie États-Unis), qui a connu un succès certain avec le modèle des consortia de R&D (Potential Energy and Forces, Catalysis, Polymers, Life-Sciences...). Les membres industriels et académiques de ces consortia s'engagent à participer sur une durée pouvant atteindre trois ans à une phase de développement d'outils ciblés, définis en commun. Le développement lui-même est coordonné par la société, qui assure l'intégration, une partie des outils étant développée par des sous-traitants académiques. À l'issue d'une phase de consortium, les membres contributeurs conservent un droit d'utilisation des outils, et en rétribuent la maintenance dans des conditions avantageuses. Les outils ainsi développés sont intégrés au catalogue de la société après un certain délai, procurant une forme d'avantage concurrentiel aux membres du consortium. Biosym a absorbé son concurrent britannique Molecular Simulations en 1995. La nouvelle société basée à San Diego et Cambridge a pris le nom de MSI, puis Accelrys en 2001. Cette relative longévité a permis à Accelrys d'accumuler un portefeuille d'outils et une expérience du marché et des applications d'une ampleur inégalée, quoique seulement partiellement capitalisées. Les consortia Biosym, MSI puis Accelrys ont joué un rôle historique dans la pénétration des techniques de modélisation moléculaire en R&D industrielle.
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