La microscopie de fluorescence nécessite d'une part un instrument spécifique et des molécules fluorescentes. Cet article expose ces deux aspects. Cette technique est majoritairement utilisée sur des échantillons biologiques. Les nombreuses sondes pour les molécules biologiques ainsi que les protéines de fusion fluorescentes comme la GFP sont présentées, ainsi qu'une large gamme de techniques : champ large, confocal, super résolution, coupes optiques, protection des échantillons, vidéo microscopie sur matériel vivant. Un tissu industriel dynamique s'est développé autour de grandes entreprises d'instrumentation, des constructeurs des périphériques (caméras, optomécanique, chimie) et des laboratoires de recherche biomédicale, d'optique, et des compagnies pharmaceutiques.