L’électrophorèse capillaire (EC) permet la séparation d’un grand nombre de molécules. Complémentaire des méthodes chromatographiques, elle est une méthode d’analyse reconnue. Elle offre un grand nombre de modes selon la nature de l’électrolyte de séparation et du capillaire utilisés.  Cet article décrit les principes généraux de l'électrophorèse. Puis il détaille les différents modes de séparation, qui permettent de différencier les espèces chimiques selon certaines propriétés. 

L’électrophorèse capillaire (EC), initialement développée pour l’analyse de protéines, a un champ d'applications beaucoup plus étendu pour l'analyse des petites molécules. L’EC est utilisée dans l’industrie pharmaceutique, pour l'analyse chirale, le dosage et la détermination de la pureté des principes actifs, et dans les domaines de l’environnement et de l’agroalimentaire, pour l'analyse d’eaux ou de boissons.