L'agriculture biologique connaît un fort développement mais peu de recherches lui sont dédiées en France. La notion d'agriculture biologique regroupe des conceptions très diverses dans un contexte d'agriculture conventionnelle dominante et d'une politique de « transition agroécologique ». La biodiversité cultivée, réduite par l'intensification de l'agriculture, est la clé de la performance des agrosystèmes « bio » basés sur le respect et la maximisation des processus vitaux. Pour pallier le manque de variétés adaptées et diversifiées, une collaboration avec les paysans « bio » a été initiée. Cet article présente les expériences et les évolutions du métier d'«ingénieur du vivant » élargi aux systèmes alimentaires locaux et leurs acteurs, avec une approche transdisciplinaire et multi-acteurs.