La voie thermochimique indirecte est utilisée pour transformer la biomasse lignocellulosique en biocarburants liquides dits "de deuxième génération". Cette voie consiste en une étape de prétraitement de la biomasse, transformée ensuite en gaz de synthèse par oxydation partielle dans une unité de gazéification. Ce gaz, mélange de monoxyde de carbone (CO) et de dihydrogène (H2), est ensuite conditionné et purifié pour permettre la synthèse d'hydrocarbures par la réaction Fischer-Tropsch. En dernier lieu, les effluents hydrocarbonés sont hydrotraités pour en ajuster les propriétés. Les biocarburants de synthèse ainsi obtenus sont de très haute qualité. En particulier, ils sont exempts de soufre et de composés aromatiques, et peuvent être incorporés dans le pool de carburants conventionnels.