La chémoinformatique, et plus spécifiquement la modélisation moléculaire, sont des techniques permettant de comparer les propriétés physico-chimiques associées aux molécules chimiques, et d'analyser les interactions supramoléculaires responsables d'un phénotype biologique, points clés pour la conception de nouveaux ligands. Cet article décrit les bases pour cette conception avec, tout d'abord, l'analyse conformationnelle, puis la relation théorique entre l'affinité biologique et les interactions supramoléculaires. La conception, elle-même, et enfin le positionnement de ces techniques par rapport à la biologie systémique sont abordés pour terminer.